El Honorable Consejo Universitario, es un organismo de la estructura de Gobierno Paritario de la Universidad Mayor de San Andrés, que cumple, funciones generales de Gobierno de la U.M.S.A., en órdenes académico, administrativo, económico, político-social, en correspondencia con la Autonomía y Facultades que le reconoce a la Universidad el Artículo 185 de la Constitución Política del Estado.

El Honorable Consejo Universitario está compuesto por los siguientes miembros:

1. El Rector que lo preside, no vota ni dirime.
2. El Vicerrector
3. Los Decanos
4. Un Delegado Docente de cada Asociación Facultativa
5. Dos Delegados Estudiantiles de cada Centro de Estudiantes Facultativo
6. Un Delegado de la Federación de Docentes de la Universidad (FED-SIDUMSA)
7. Dos Delegados de la Federación Universitaria Local (FUL)
8. Un representante del STUMSA, con derecho a voz y voto en los asuntos que le conciernen.
9. El Secretario General y el Director Administrativo Financiero hacen parte del Consejo, con derecho a voz solamente.

Las Resoluciones del Honorable Consejo Universitario, emanadas del debate de un tema, adoptadas por consenso o votación, son imperativas para toda la comunidad Universitaria, debiendo los transgresores someterse a las normas disciplinarias de la Universidad.

Entre las atribuciones del Honorable Consejo Universitario tenemos:

1. Considerar y aprobar los Reglamentos Internos de su propio funcionamiento.
2. Considerar y aprobar los Reglamentos que proponga el Consejo Académico, las instancias administrativo-financieras y las Unidades Académicas.
3. Aprobar los acuerdos y convenios suscritos con otras Universidades, así como con Instituciones y organizaciones extra-universitarias.
4. Fijar la posición de la Universidad ante las Conferencias de la Universidad Boliviana.
5. Llamar a elecciones de Rector y Vicerrector.
6. Conocer y aprobar el Reglamento de elecciones de autoridades de las distintas Unidades Académicas.
7. Conocer y sancionar los informes de los Comités Electorales y posesionar a los Decanos y Vicedecanos.
8. Posesionar a los representantes Docentes y Estudiantiles ante el Honorable Consejo Universitario legalmente elegidos.
9. Fijar el Calendario Universitario y declarar recesos en toda la Universidad o parte de ella, por motivos justificados.